Saat itu Indonesia memiliki 12 kapal selam kelas Whiskey buatan uni soviet (sekarang Rusia). Dari 12 kapal selam yang pernah dimiliki TNI AL, urutan nama dan nomor lambungnya, adalah sebagai berikut: RI Tjakra (401), RI Nanggala (402), RI Nagabanda (403), RI Trisula (404), RI Nagarangsang (405), RI Tjandrasa (406), RI Alugoro (407), RI Tjumandani (408), RI Widjajadanu (409), RI Pasopati (410), RI Hendradjala (411), dan RI Bramastra (412).
Kedatangan 12 kapal selam ini langsung diterjunkan dalam rencana operasi Jayawijaya, bagian dari gema Trikora. Dalam operasi yang dramatik tiga kapal selam melakukan infiltrasi di pantai utara Irian Barat, tetapi ketahuan kekuatan laut Belanda. Hanya RI Tjandrasa yang dinakhodai Mayor Laut Mas Mardiono berhasil mendaratkan 15 anggota RPKAD (Kopassus) di Tanah Merah, 30 kilometer utara pelabuhan udara Sentani pada 21 Agustus 1962. Atas keberhasilan ini seluruh ABK RI Tjandrasa mendapat Bintang Sakti berdasarkan Keppres No.14/1963. Baru kali ini Indonesia menganugerahkan Bintang Sakti bagi seluruh anggota, biasanya bintang tertinggi ini dianugerahkan kepada perorangan atas jasa luar biasa di luar tuntutan tugas.
Setelah sekian lama, pada 1980-an Indonesia membeli dua kapal selam baru U-209 buatan Jerman. Keduanya diberi nama yang sama dengan dua kapal selam pertama Whiskey-Class buatan Rusia, yaitu KRI Cakra dan KRI Nanggala. Namun, akibat kelangkaan suku cadang dan sudah tergolong tua, satu per satu kapal selam Whiskey-Class dikeluarkan dari dinas aktif. Terakhir yang dikeluarkan dari jajaran kapal perang armada RI adalah RI Pasopati. Kapal selam tersebut kini berdiri di tengah kota Surabaya sebagai Monumen Kapal Selam.
Indonesia pernah punya 12 Kapal Selam, kini hanya 5 unit, satu hilang. Saat ini, TNI AL hanya mengoperasikan dua kapal selam kelas U-209 buatan Jerman, yaitu KRI Cakra/401 dan KRI Nanggala/402. Kapal selam yang datang tahun 1981 ini tentu usianya sudah tidak muda lagi di tengah tuntutan tugas negara yang padat. Sedangkan tiga kapal selam kelas Changbogo dari Korea Selatan sedang dalam proses pembangunan, yaitu KRI Nagapasa (403), KRI Ardadedali (404), dan KRI Alugoro (405).
1959 Kapal Selam kelas Whiskey buatan Uni Soviet :
2. Trisula 402 (1962 - 1974),
3. Nagabanda 403 (1961 - 1976),
4. Nagarangsang 404 (1961 - 1974),
5. Nendradjala 405 (1961 - 1974),
6. Alugoro 406 (1961 - 1974),
7. Nanggala s02/407 (1959 - 1972),
8. Tjandrasa 408 (1962 - 1974),
9. Widjajadanu 409 (1962 - ),
10. Pasopati 410 (1962 - 1990),
11. Tjundamani 411 (1962 - 1974)
12. Bramasta 412 (1962 - 1981).
1977 Kapal selam kelas U-209/1300 produksi Jerman Barat :
1. KRI Cakra 401 (1981-sekarang)
2. KRI Nanggala 402 (1981- 2021) hilang
2015 Kapal selam tipe-209 Changbogo Korea Selatan :
1. KRI Nagapasa 403
2. KRI Ardadedali 404
3. KRI Alugoro 405